行政法人是公法人的一種，主要的成立目的在於使高度專業、但公權力行使程度又較低的公共事務，如文化或研究等，有較彈性的人事和財務制度，但也有一定的自籌比例須達成，並不全仰賴政府編列預算，能擺脫用人制度和採購法的束縛，營收也能回歸組織自主運作，真正將資源用於組織的專業目標推動。行政法人既為公法人而非一般企業，預算主要來自國家的補助為主，自當對國家及納稅人負責，並且亦有確保達成組織既定績效目標之責任。

臺南市美術館作為臺南市第一個行政法人化組織，依《行政法人法》以及臺南市議會三讀通過之《臺南市美術館設置自治條例》規定，臺南市政府作為美術館之監督機關，依條例規定擁有監督權限，包含發展目標、年度營運計畫、預算、年度執行成果、決算及相關規章之核定及備查權。

在人事方面，由於行政法人之董監事會具有組織內絕大部份事務的審核、決議及監督權，其職權和責任能否發揮制度設計所預期的功能，將直接影響組織的營運績效，故董監事的遴聘、解聘相關辦法，由監督機關（市府）定之；其餘人事管理相關規章則由美術館自行定之，達到行政法人專才專用的目的，並且由監督機關分三階段限制美術館人員進用規模，106年人員進用20人，107年因應美術館開館業務，人員進用可達45人，至108年正式開館營運，美術館總人員編制額度不可超過60人。

在市有財產管理方面，美術館以監督機關核撥經費指定用途所購置之財產，為市有財產，並由監督機關（市府）訂定「臺南市美術館市有財產管理使用收益辦法」，其管理人為美術館，其所生之收益歸屬為美術館，但美術館對於市有財產不得為任何處分。有關館方之績效評鑑，依據條例第23條規定：「監督機關應邀集有關機關代表、學者專家及社會公正人士辦理本館之績效評鑑」，實地訪查瞭解美術館年度計畫及執行成果，以達全面而完善之監督。評鑑前，監督機關也會不定期訪視、輔導該館並給予評鑑資料準備之意見。

為使績效評鑑制度更臻具體完善，本府並於本(107)年8月修正「臺南市美術館績效評鑑辦法」。此外，臺南市議會應要求監督機關首長率同本館館長或相關主管，於年度終了時至臺南市議會報告營運狀況並備詢；美術館年度執行成果及決算報告書，委託會計師查核簽證，也需報請監督機關備查，並送審計機關審計之，必要時得送監督機關或其他相關機關為必要之處理；而政府機關核撥本館之經費，也應依法定預算程序辦理，並受審計監督。綜上，南美館之相關規章其實相當齊備，監督機制亦完善且運作得宜。

行政法人的最終目的在於專業發展、提高競爭力、引進民間活力，讓文化資源能夠下放，由專業來治理、處理資源的分配，使公共任務順利推展，但專業治理必須搭配公共責任，是公開透明的。臺南市政府在美術館開館後將會漸漸輔導美術館獨立自主，秉持公開透明期許臺南市美術館的自籌比例能穩定維持成長，使文化事務具有一定的公共性，又兼具專業研究水準，避免因自籌財務的壓力而淪為商業化、美術館百貨化，讓行政法人在監督機關的監督與輔導下能為臺南創造更加前衛、創新及國際化的藝文環境。