學甲慈濟宮分靈大陸淵源：“眾神渡海而來，我獨乘舟而去”指出寶泉庵神尊的特色所在：全臺灣寺廟神祇多從大陸分靈而來，唯福建晉江深滬寶泉庵所祀的保生大帝卻是從台南學甲慈濟宮分靈而去。
清咸豐十年（1860年）初秋之際，深滬吳協慶號商船按例來到學甲慈濟宮保生大帝神前，擲筊祈示返鄉日期。神示當天不得西渡臺灣海峽回鄉。吳協慶號雖不解其意，但仍遵神意而行。是夜，海上突狂風大作，巨浪滔天，往返船隻全部遇難。獨吳協慶號按保生大帝神意三天后才啟航，一帆風順，平安返抵深滬，至此謎團頓解，眾人拍額稱奇！事後，吳協慶號船員遂迎請學甲慈濟宮保生大帝第三尊副駕到深滬祀奉。(深滬寶泉庵董事會秘書長蔡紹德)
1987年11月，臺灣學甲慈濟宮與深滬寶泉庵確認了“親緣”，深滬與臺灣保生大帝信眾，便開始“走起了親戚”。
到今年學甲慈濟宮分靈到深滬寶泉庵已經有159年的歷史了，深滬寶泉庵至今仍完好保存著當年分靈的那尊0.27米高、儒冠道服的木雕保生大帝像，見證深滬寶泉庵與台南學甲慈濟宮的這段特殊神緣的歷史實物。與保生大帝像一起傳過來的還有從學甲慈濟宮裡祈得內科、外科、小兒科、眼科等藥方324方。
泉州豐澤麒麟山慈濟宮分靈因緣：
有關泉州豐澤麒麟山慈濟宮和學甲慈濟宮因緣，據麒麟山慈濟宮葉德成董事長表示：本人葉德成是泉州豐澤霞淮人，在二十歲開始和保生大帝和太子爺結緣。於2005年六月份，在泉州中山南路佛具店看到有人拿一尊軟身保生大帝金身要賣，當下直覺這神尊跟我有緣犀，立馬用人民幣伍佰元買下，請回安座。
直到2010年，保生大帝指示建置泉郡麒麟山慈濟宮，宮廟建置同時，雕塑大尊保生大帝金身，迨建置完成時，依指示將小尊金身入神置於大尊金身(三大帝)肚子裡。
2018年10月世界保生大帝廟宇聯合總會由王文宗總會長率31幹部宮廟計100人來泉州花橋慈濟宮訪宮參香時，保生大帝下旨說明：葉董2005年於民間請回的保生大帝金尊，正是臺灣學甲慈濟宮的分靈，並指示必須到臺灣學甲慈濟宮正式請靈來麒麟山慈濟宮奉祀。