行政院環保署及臺南市政府環保局監控臺南市六大河川水質，設置90處河川水質監測站定期監測水質，並將監測數據公布在環保署及環保局網站。環保局長張皇珍歡迎欲了解河川水質的民眾，隨時上網查詢。

環保局說，環保署及環保局為掌握臺南市河川水質，在八掌溪、急水溪、將軍溪、曾文溪、鹽水溪及二仁溪等六大河川設置90處監測站檢測水質，檢測水中溶氧（DO）、生化需氧量（BOD）、懸浮固體物（SS）及氨氮（NH3），並將檢測數據換算成水質點數計算指標的平均值RPI，依據指標將污染程度分為未(稍)受污染、輕度污染、中度污染及嚴重污染程度四類，達到河川水質透明化目的。

環保局表示，民眾欲了解臺南市河川水質，可上環保署全國環境水質監測資訊網（http://wq.epa.gov.tw/）查詢。環保局自辦水質監測數據則公布在環保局網站（http://www.tnepb.gov.tw/），從首頁點選水質及土壤管理科-成果展示-河川水質監測值，亦可查詢相關資料。