縣市合併前原台南縣公車路網過於彎繞、路線過長及重複性高等問題，造成行駛時間過長影響民眾乘車意願，惡性循環下造成營運效率低落，使本市公共運輸使用率偏低，為突破此困境，市府交通局積極著手進行路網調整，以滿足民眾運輸需求並連結大台南各生活圈為前題，市府提出「捷運化公共運輸系統」的改革方案，內容包含公車捷運化、臺鐵捷運化、轉運站開發、彈性運輸、票證整合及先進運輸系統等六大工作方案。



六大方案首先推動「公車捷運化」，將路線有效整併成6大幹線與66條支線公車路線，透過轉乘方式大幅降低行駛里程與時間，讓發車準點與預估到站時間更為準確，提供市民更便捷的公車服務。



此外，各幹線公車統一設計識別系統，各路線採顏色區分並且進行車體彩繪，方便民眾搭乘辨識，形塑「大台南公車」獨特意象。



自3月起逐月開通6大幹線與所屬支線，第1條開通綠幹線公車於3月1日正式上路，路線總里程約37公里，每日計94班次往返，尖峰時段每15分鐘即有1班車。由台南公園（兵配廠）經台南火車站出發後，沿台20線行經北區、永康、新化、山上、左鎮、玉井等行政區，並可由新化、玉井等站轉乘支線至新市（南科）、善化、南化、楠西等地區，支線將與幹線公車形成快捷便利的公車網絡。



針對綠幹線公車開通後交通局接獲一些家長反映，因學生不了解路線變更及轉乘資訊致延誤其上學時間等問題，市府交通局隨即協調客運業者進行班次調整與車輛調度，例如加開綠幹線區間車早上6時10分與20分共2班次由新化發車約30分鐘可到達台南火車站，增加服務能量；加開綠5(大社-永康火車站)早晚往返2班次；綠12（南化往新化）早班車5時55分發車班次由中巴改為大型巴士行駛；增開綠27(玉井－南化)2班次區間車滿足南化國中學生通學所需，亦將配合通學需求檢討班車時間及機動加班，以因應學生上學需求。



有關近期高雄客運將減班行駛南寧高中、新興國中、大成國中等校學生專車，消息指出因幹線公車開通後必須抽調人車支援，導致學生專車無法正常行駛，市府交通局表示，本年度所推動6大幹線與66條支線公車路線，由興南客運與新營客運負責行駛，高雄客運並無行駛任何1條幹支線公車，不會影響學生專車行駛。倘若客運業者基於人力與班車調度進行減班，建議校方可洽詢其他業者行駛學生專車，市府交通局亦可提供必要協助。



交通局表示推動公車捷運化最主要目的在於提供民眾快捷與準點之乘車服務，站位與路線規劃以「快速便捷」為原則，故行駛路線筆直減少彎繞，路線長度也較為簡短，以利乘客能快速到達目的地。民眾搭車時會依目的地不同而產生「轉乘行為」在所難免，為讓民眾多管道取得搭車轉乘資訊，市府交通局特別印製公車折頁，民眾可至本市永華與民治市政中心、各區公所、各轉運場站等地取得幹支線公車地圖（內含時刻表），另可使用智慧型手機APP、公車動態網站、電話語音查詢即時公車到站資訊，此外亦可撥打幹線公車服務專線2230390、公車動態資訊系統專線2998484、興南客運專線2636637、本市公運處專線2230330、市府交通局專線2982038等5條服務專線由專人提供各項諮詢服務。交通局局長張政源表示，為鼓勵民眾搭乘，每條幹線與附屬支線開通首月皆免費搭乘，次月起使用多家電子票證搭乘可享基本里程8公里免費(26元)，兩小時內轉乘除基本里程免費外可再享9元優惠。



民眾可至本市高雄、興南、新營客運業者場站與各大超商(統一、全家、OK、萊爾富)購買電子票證。市府交通局張局長也再次提醒市民，使用電子票證搭乘公車好處多，希望大家多加利用。同時期望以推動幹線公車作為啟動「2013台南市公共運輸元年」首部曲，逐步落實捷運化公共運輸系統各項方案，最終期望以全方位優質公共運輸的服務，營造便捷、幸福的大臺南。