17日行政院環境保護署魏國彥署長至本市拜會賴市長就廢食用油管制交換意見，魏署長說中央與地方應於此時共同面對，廢食用油應採分流管理、邊境管制，食用油、飼料油及工業用油不得交互混入，後端採跨域治理並追縱記錄，有效管制流向，魏署長表示，台南市在環保局張局長的帶領之下，對於廢油管控及流向都有相當詳細的資料，實在值得嘉許。

賴市長表示廢食用油回收管理是國內的大事情，此刻中央與地方共同面對及合作，痛定思痛透過立法及行政部門共同思考可長可久的政策管理廢食用油。賴市長更進一步指出，廢食用油的管制可從三大面向探討，一、源頭管理、上下游追查去向追蹤且表示生質能是可行之再利用方式，中央應積極推動。二、目前飼料化及生質能再利用均已停止政策，基於食物鏈，不應用於飼料是正確的，惟農委會與經濟部應妥善規劃後端去化方式。三、中央政府應重建GMP威信。四、建議中央盡速完成法規之修正，輔導業者為合法清除機構。

環保局長張皇珍表示自爆發餿水油事件後，臺南市政府環境保護局即意會到應確實掌握廢食用油流向與去處，自9月11日起針對餐廳、攤販及小吃等兵分多路稽查廢食用油流向，經查至9月16日稽查1,170餐廳、攤販、小吃等業者，掌握74家回收清除業者，其中有11家清除機構、2家再利用機構，以及回收業者與個體業，收受本市1170家攤商、清除480公噸廢食用油送至再利用機構，製成肥皂、飼料、及生質柴油等。