臺南市政府為提高登革熱防治效能，建立守護家園第一道防線，特地商請衛生福利部同意，與疾病管制署南區管制中心合署辦公，在該中心莒光樓設置「臺南市政府登革熱防治中心」，未來進駐人員將近百人！希望藉地利之便，就近向中央請益及建立良好合作機制，共同防治登革熱。揭牌儀式由市長賴清德主持，會中邀請中央長官、地方耆老、市府各局處首長及臺南市的登革熱防治顧問團們共同參與。

2015年登革熱疫情，是臺南近年來面臨最嚴峻的挑戰，本府秉持「防疫視同作戰」的精神，除要求市府團隊全體總動員、結合社區環保志工、防疫志工落實孳清工作，也受到中央的鼎力協助，並以科學方法及標準作業程序進行登革熱防治工作，在全體市民通力合作下將疫情控制下來，感謝中央的支持及肯定臺南市的防疫作為。

有鑑於此，臺南市政府於104年12月召集專家學者參與數次跨局處登革熱防治會議，共同擬訂出臺南市2016年登革熱防治目標策略及作為。二大目標是「低病例數、低死亡率」與「健康城市、美麗家園」其中「充實專業防疫團隊與資源」是八大策略中的一項；本府認為登革熱的防疫人才除具有專業知識外，更需要有經驗的累積，所以人才的培育與經驗傳承相當重要，過去培養的專業防疫人員異動頻繁，且流失速度快，影響防疫作為執行力。本府於是規劃成立「臺南市政府登革熱防治中心」專責單位，分批進用專責人員，負責病媒的監測、疫情的分析、化學防治與行政後勤等工作，並與疾管署南區管制中心相互合作，共享資源，樹立中央與地方共同防疫的典範。建置靈活、務實的防疫作為及讓人力、物力有效發揮極大效益。

臺南市政府成立登革熱防治中心，期望能以專責中心進行登革熱監測、民眾宣導、疫情發生時的噴藥規劃，蒐集並分析疫情擴散的路徑，來降低登革熱的發生率、病例數及因感染登革熱所造成的死亡率，以達到締造健康城市、美麗家園的願景。